典型的慢性肾盂肾炎多有急性肾盂肾炎史及反复发作病史半年以上；近年来引为重视的是先天畸形、梗阻，尤其膀胱输尿管返流在慢性肾盂肾炎发病占有重要地位。发作时以尿路刺激症状为主，全身症状较轻，可有轻度发热、腹痛、腰痛及肾区叩击痛等。部分患者其病情隐袭，尿检细菌阳性，称“无症状性菌尿”。少数患者可无尿路刺激症状，而以其他症状为主要的临床表现，如长期低热，血压升高，间断出现血尿、贫血、水肿等。

疾病晚期，常有肾功能受损，首先出现肾小管浓缩功能减退，如夜尿增多、多尿、电解质紊乱、酸中毒等。继而肾小球受损而导致肾功能衰竭。慢性肾盂肾炎的症状临床表现复杂多样，容易误诊、漏诊。由于慢性肾实质损害疤痕形成或先天性畸形，梗阻、返流等，细菌易于潜伏；长期使用多种抗生素，细菌产生耐药性；病程绵延机体免疫功能低下等因素，使病情反复发作，较难根除，影响预后。