豆制品含有极为丰富的蛋氨酸，蛋氨酸在酶的作用下可转化为半胱氨酸。它会损伤动脉管壁内皮细胞，使胆固醇和甘油三酯沉积于动脉壁上，导致动脉硬化形成。

豆腐含嘌呤较多，嘌呤代谢失常的痛风病人和血尿酸浓度增高的患者，多吃豆腐易导致痛风发作。

制作豆腐的大豆含有的皂角甙，会加速体内碘的排泄。长期过量食用豆腐很容易引起碘缺乏，导致碘缺乏病。